在孙文进一步干涉下（大总统电明确指出“毋庸再行解交江苏都督”），姚荣泽被移往南京，又经过大量的往复交涉，才确定由南京、上海组成“临时合议裁判所”审理这场媒体口中的“中华民国第一案” 这场案件，带有很强的“舆论审判”的色彩。公开来说，因为革命党死了两名烈士，舆论大抵同情于周阮，而士绅集团在背后的活动也非常剧烈，包括能否使用外国律师，是否应用西方的陪审团制度，争执后来集中于制度而非案情，司法总长伍廷芳与陈其美往复辩难，不知打了多少笔墨官司。 民国元年2月11日，为了制造声势，给法庭施加压力，南社、淮安学团等组织在上海江苏教育总会召开“山阳殉义周实丹、阮梦桃两烈士追悼会”孙文、陈其美都送了挽联。孙文的挽联只表达了对“喋血于孔子庙中”“阴灵绕淮安城上”的痛悼之情，陈其美的挽联则斩钉截铁，杀气满盈： “不忍见徐淮亡，以一身殉国；誓平反锻炼狱，为二公雪冤。” 3月23日下午，姚荣泽案在上海开庭。法庭经过23日、30日、31日三次的审判，最后判定姚荣泽死刑“自3月31日起，在三个星期内执行” 判决后，法庭给姚荣泽五分钟做最后陈述。姚荣泽申辩说：杀死周实、阮式并非出自本意，而系受地方绅团的逼迫所为，请求减刑。 十二人组成的陪审团也认为，本案发生在光复未定、秩序扰乱之际，与平静之时不同“该犯虽罪有应得，实情尚有可原”便决定由陪审员集体禀请大总统“恩施轻减”这时临时大总统已经换成了袁世凯，遂由张謇转请北京，特赦了姚荣泽。 姚荣泽“死而复生”令革命党人愤怒异常。他们大呼“天理何在？国法何在？”可是革命党在江苏的势力此时已无当三月前那么浩大，姚荣泽被特赦后即匿藏在上海法租界，同案如杨建廷等八人也消失无踪。你能怎么办？ 山阳血案的终结颇有中国特色。民国二年七月，丁宝铨又出面了。他提出的调停条件是：由八名案犯捐出田产六百亩、现款二万元充作两烈士遗族赡养费，并修改一所二烈士祠堂，革命党方面不再追究往事。这个提议得到了两位烈士家属的支持——他们实在也很艰难，已到了“悬釜待炊”的地步，而且此时二次革命一触即发，国民党方面也没有力量再来理会此事。于是几经交涉，加了一个条件：此八人以后不得再过问地方事务。 祠堂建起来了，供奉着周实、阮式的塑像，有二百亩祭田供维持之用。另外，还配享着一位杨楚材。他在周阮死后，为同志奔走控诉，但无法雪冤，神经失常，在案结后独自再往南京控告，反被关押。南社友人救他出来，送他回乡。船走到半夜，杨楚材落入邵伯湖身亡，是自杀，还是失足？没有人知道。